Děj se odehrává v roce 1937, v předvečer druhé světové války. Příběh se točí kolem záhadné špionážní organizace známé jako "D Agency". Tuto organizaci založil podplukovník Yuuki z Císařské japonské armády. Jeho ideály ho vedou k tomu, aby rekrutoval lidi mimo absolventy vojenské akademie a personál, a zároveň je cvičil, aby se stali zkušenými agenty v umění manipulace. Z těchto agentů se stane specializovaný tým pro provádění operací. Jeden takový antihrdina, agent vystupující pod jménem Jirou Gamou, se vydává na trýznivou misi, aby odhalil tajné dokumenty s názvem "Černé zápisky", a bojuje přitom se silami zevnitř i zvenčí vlastních řad.