Scénář Kmotra II, jenž je znovu společným dílem autora původní předlohy a režiséra, rozvíjí dvě dějové linie. Další osudy nového kmotra Michaela Corleona (Al Pacino), ovládajícího své impérium z rozsáhlého sídla v nevadském Lake Tahoe. A začátky mladého Vita Corleona (Robert De Niro) v New Yorku 20. let, jež jsou obsaženy i v Puzově původní knize. Michael musí čelit nejen svým konkurentům z podsvětí, zejména Hymanu Rothovi (pozoruhodná kreace slavného hereckého pedagoga Lee Strasberga), který využívá informací zhrzeného Michaelova bratra Freda (John Cazale), ale také zvýšenému zájmu orgánů spravedlnosti, jež v průběhu druhé poloviny 50. let, kdy se Kmotr II odehrává, zintenzivnily svou kampaň proti organizovanému zločinu. Michael své obchodní zájmy uhájí, přes nedobrovolné opuštění hazardních aktivit na revoluční Kubě, ovšem cena je vysoká.