Nevysvětlitelný jev známý jako syndrom zhroucení včelstev (Colony Collapse Disorder) zanechal v celé Americe krajinu prázdných úlů, což ohrožuje nejen včelařský průmysl, ale i naše zásoby potravin. Zatímco vědci a včelaři hledají příčinu, film Kolonie zachycuje boj uvnitř včelařské komunity o záchranu včely medonosné i sebe samotných. Kolonie dokumentuje dobu bezprecedentní krize ve světě včel medonosných očima zkušeného včelaře Davida Mendese a Lance a Victora Seppiových, dvou mladých bratrů, kteří se pouštějí do včelaření v době, kdy většina ostatních odchází. Zatímco se Mendes snaží zachránit hroutící se včelstva v zemi, bratři Seppiovi se snaží udržet své podnikání při životě uprostřed hroutící se ekonomiky.