V daleké technologické budoucnosti dosáhla civilizace své vrcholné podoby založené na síti. "Infekce" v minulosti způsobila, že se automatizované systémy vymkly kontrole, což vedlo k víceúrovňové městské struktuře, která se nekonečně replikuje do všech směrů. Lidstvo ztratilo přístup k ovládání města a je loveno a likvidováno obranným systémem známým jako Ochrana (Safeguard). V malém koutě města, v malé enklávě známé jako Elektro-rybáři, hrozí vyhynutí, uvězněná mezi hrozbou Ochrany a ubývajícími zásobami jídla. Dívka jménem Zuru se vydává na cestu, aby našla jídlo pro svou vesnici, ale neúmyslně způsobí zkázu, když ji pozorovací věž zaznamená a přivolá jednotku Ochrany, aby hrozbu zlikvidovala. Její společníci jsou mrtví a všechny únikové cesty zablokované, jediné, co ji nyní může zachránit, je náhlý příchod Poutníka Killyho, který se vydal na cestu za Geny Síťového Terminálu, klíčem k obnovení pořádku ve světě.
Tsutomu Nihei, tvůrce hry Blame!, vytvořil také hru Knights of Sidonia. V 8. epizodě 2. série seriálu Knights of Sidonia se nachází velikonoční vajíčko, v němž hlavní postavy sledují parodii na film Blame!.
První anime film Netflixu.
Jedná se o první původní film společnosti Netflix z Japonska.