Vessel vypráví příběh pasažérů letu 298, nočního spoje z Bostonu do San Francisca. V polovině cesty se cestující setkají s nadpozemskou silou a následně jsou vrženi do boje o holý život. Příběh se zaměřuje na Dannyho (obyčejného cestujícího), Emmu (letušku), Chloe (nezletilou cestující bez doprovodu) a Jima a Murrayho (dva piloty).