O pět let později se patnáctiletý Ben Tennyson rozhodne znovu nasadit Omnitrix a zjistí, že se přenastavil a nyní ho dokáže proměnit v 10 zcela nových mimozemšťanů. Spolu se svou super silnou sestřenicí Gwen Tennysonovou a jeho stejně mocným bývalým nepřítelem Kevinem Levinem je Ben na misi najít svého zmizelého dědu Maxe. Aby Ben zachránil svého dědu, musí porazit zlé DNAlieny, mocný mimozemský závod, který má v úmyslu zničit galaxii, počínaje planetou Zemí.