Ve třetím pokračování série Transformers: Temná strana Měsíce se Autoboti znovu spojí s lidskými spojenci, aby čelili nebezpečné hrozbě. Příběh začíná odhalením, že první expedice na měsíc Apollo 11 nebyla jen obyčejnou misí, ale vedla k objevu mimozemské vesmírné lodi. Tento objev zůstal utajen před veřejností, ale mohl by znamenat zkázu civilizace. Autoboti vedeni Optimem Primem a Bumblebeem se musí postavit Deceptikonům, kteří plánují zničit Chicago, kde se zrovna nachází Carly, nová láska hlavního hrdiny Sama. Sam se proto musí vrhnout do srdce akce, aby ji zachránil a zastavil Deceptikony, přičemž riskuje nejen svůj život, ale i budoucnost celého lidstva.