Ačkoliv pocházel ze slavného hereckého rodu, na herectví dlouho nepomýšlel. Nakonec ale rodinné geny (tatínek Zdeněk Štěpánek dlouholetý člen činohry Národního divadla a v 50. letech dokonce krátce její šéf, bratr Petr Štěpánek rovněž herec, nevlastní sestra Jana Štěpánková jakbysmet) zvítězily. Po nultém ročníku medicíny přešel na pražskou DAMU, kterou absolvoval v roce 1969.
Už během studií získával první ostruhy před filmovou kamerou. Diváky zaujal jako syn titulního hrdiny filmu Obžalovaný, ředitele tepelné elektrárny Josefa Kudrny v podání Vlada Müllera, který byl obviněn z finančních machinací. V titulní povídce filmu Každý mladý muž hrál vojína Kryštůfka, přesvědčeného, že "žádný holky nikde nejsou, protože oni si je jen vymysleli".
Největší filmové role si zahrál počátkem 70. let. V muzikálu Svatá hříšnice, který byl adaptací divadelní hry Františka Langra Obrácení Ferdyše Pištory vytvořil právě Pištoru, barvitou figurku pražského podsvětí a postrach policejního sboru, kterého k dobrému "obrátila" členka Armády spásy Terezka v podání Kateřiny Macháčkové. Štěpánek doslova zazářil v titulní roli filmu Tajemství velikého vypravěče, v němž spolu se svým bratrem Petrem představovali slavné francouzské spisovatele otce a syna Dumasovy. Tehdy ani ne pětadvacetiletý Martin vytvořil Dumase staršího ve třech životních etapách - jako dvacetiletého, jako čtyřicetiletého a jako téměř šedesátiletého. Jednu z hlavních postav ztvárnil ve výpravné válečné fresce Sokolovo, v níž mu režisér Otakar Vávra svěřil roli nadporučíka Otakara Jaroše, muže, který zahynul hrdinskou smrtí při obraně vesnice Sokolovo a jako první cizí státní příslušník byl vyznamenán titulem Hrdina Sovětského svazu.
Naposledy četli jeho jméno v titulcích diváci díky filmu Jiřího Sequense Rukojmí z Bella Vista, což byla filmová verze jednoho z dílů seriálu 30 případů majora Zemana. Představoval v něm Jandu, bocmana české záoceánské lodi Morava, který pomáhá důstojníkovi kontrarozvědky Hradcovi v podání Rudolfa Jelínka při plnění jeho nebezpečné mise.
V roce 1981 Martin Štěpánek i se svojí manželkou, herečkou Jaroslavou Tvrzníkovou, emigroval. Nejdříve do Rakouska, nakonec se usadil v německém Mnichově, kde úzce spolupracoval s Rádiem Svobodná Evropa. Do rodné vlasti se natrvalo vrátil až v roce 1994.
Někdejší člen činohry Národního divadla (1968-1973), Činoherního klubu (odtud dostal z politických důvodů výpověď) a Divadla Na Vinohradech (1977-1981) se sice znovu vrátil k herectví, ale dál prosazoval i svoje občanské a politické názory a postoje. Od září 2006 do ledna 2007 byl dokonce ministrem kultury v první Topolánkově vládě.
Filmoví režiséři už ale pro něj mnoho rolí neměli - výraznou roli hlavního vrátného si zahrál například v Herzově podobenství Passage, postavu Markvarta z Vartemberka v Nikolaevově historické detektivce Jménem krále.
Letos na jaře ho mohli televizní diváci vidět jako manžela jedné z hlavních hrdinek seriálu Pojišťovna štěstí V, pilota Václava Hábu.
Martin Štěpánek je za posledních několik málo let už třetím významným českým umělcem, který se zastřelil - před osmi lety stejný odchod ze světa volil herec Vlastimil Brodský, před třemi roky hudební skladatel Karel Svoboda.